بدنبال اشتغال افغانستان بوسیله اتحاد جماهیر شوروی سابق و متعاقب آن شروع وتداوم کشمکش‌ها و جنگهای داخلی خیل عظیم آوارگان افغانی به سوی جمهوری اسلامی ایران سرازیر گردید.
دولت ج.ا.ا نیز بر اساس حس همدوستی و برادری با آغوش باز پذیرای این حجم از آوارگان شد و این در حالی بود که آنها از طرق مختلف و بدون کنترل و بصورت گروهی به کشور وارد شدند .از این رو استان خراسان بعنوان اولین استان کشور و همجوار با کشور افغانستان وبعنوان اولین محل امداد و اسکان مورد توجه مسئولان کشور و استان قرار گرفت به نحویکه از سال 1359 تا سال 1371 برآورد شده بود ، جمعیتی بیش از 300 هزار نفر در استان اسکان یافتند و تشکیلاتی تحت عنوان شورای هماهنگی امور افغانی تحت نظارت استانداری مأموریت رسیدگی به امور آوارگان را به عهده گرفت .
در سال 1367 بنا به دستور وزیر وقت کشور پیشنهاد تغییر نام شورای هماهنگی امور آوارگان افغانی به نام دفتر امور اتباع و مهاجرین خارجی در استانها مطرح و از آن پس برنامه‌ها و فعالیتهای این دفتر حسب سیاستهای ابلاغی از اداره کل امور اتباع ومهاجرین خارجی وزارت کشور در راستای پذیرش شناسایی، ساماندهی و کنترل و نظارت بر امر ورود و خروج آوارگان و مهاجرین خارجی‌تهیه و تنظیم گردید. اداره کل امور اتباع بعنوان یکی از دفاتر زیر مجموعه معاونت سیاسی امنیتی و اجتماعی استانداری ماموریتها و مسئولیتهای خود را در حوزه های تعیین شده و با هماهنگی اداره کل امور اتباع وزارت کشور و استانداری سیستان و بلوچستان پیگیری می کند.
1- اعمال سیاستها و هماهنگی‌های لازم با نهادها و ارگانهای ذیربط به منظور جلوگیری از ورود و خروج بی ضابطه اتباع و مهاجرین خارجی
2- نظارت بر تردد کارشناسان خارجی و مقامات دیپلماتیک و نمایندگیهای سیاسی مقیم استان و میهمانان خارجی که به استان سفر می نمایند.
3- نظارت ، کنترل و رسیدگی به امور حقوقی اتباع خارجی شامل مسائل ازدواج ، تابعیت ، دانشجویی، حل اختلاف، اشتغال
4- کنترل و نظارت و پیگیری امور تشکلهای سیاسی اتباع بیگانه و فعالیتهای فرهنگی آنان .
5- صدور یا تمدید مدارک شناسایی و تردد پناهندگان و بررسی مدارک اقامتی آنان .
6- شناسایی ، تشکیل پرونده ، ایجاد سابقه و بانک اطلاعات و آمار جهت دسترسی به کلیه اطلاعات اتباع خارجی از بدو ورود طول دوره اقامت تا زمان خروج .
7- رسیدگی و پاسخگویی به امور پناهندگان مقیم از جمله مشکوک‌التابعین ، مهاجرین دارای همسر ایرانی ، مرتبطین با نهادها و ارگانهای ذیربط
8-حضور فعال و همه جانبه در مجامع و سازمانهای بین‌المللی به منظور ارائه عملکرد ج.ا.ا و دفاع از حقوق پناهندگان و آوارگان مقیم ج.ا.ا با نگرش جلب نظرات و درخواست مشارکت از سایر کشورها جهت رفع پدیده بین‌المللی پناهندگی
9- تعامل و همکاری با سازمانهای بین‌المللی با هدف جذب امکانات و اعتبارات بین‌المللی بویژه از طریق کمیساریا و سایر سازمانهای خارجی و مؤسسات خیریه بین‌المللی NGO ها به منظور سرویس دهی به پناهندگان
10- رسیدگی به امور نگهداری و طرد اتباع غیرمجاز در اردوگاههای مراقبتی .
11- اجرای طرحهای شناسایی و آمایش اتباع خارجی با هدف یکسان سازی مدارک هویتی و نظارت و کنترل بر وضعیت اقامتی آنها.
12- ثبت نام از دانش آموزان، صدور بیمه سلامت، ثبت در سامانه تجارت آسان، معرفی به بهزیستی، کمیته امداد امام خمینی ره